La piscicultura se enfrenta a múltiples problemas, tales como: optimizar la nutrición para reducir la necesidad de harina de pescado y otras proteínas animales, mejorar el rendimiento económico y la salud ambiental. Estas son interrogantes específicas de la producción que el uso efectivo de aminoácidos puede responder.

El metabolismo de los animales acuáticos requiere una alta ingesta de proteínas y aminoácidos esenciales. Es importante considerar los aminoácidos individualmente cuando se formulan los alimentos para la acuicultura.

La alimentación de los peces se hace con una amplia variedad de alimentos, y también requiere tener en cuenta los valores de energía y los nutrientes digeribles, los minerales disponibles, así como el procesamiento de estos alimentos en la formulación de los alimentos. El nivel de la dieta y la composición de la fibra de los alimentos, así como la presencia de varios factores antinutricionales, puede influir en el consumo, el uso de nutrientes y la salud de los peces.
 
Los aminoácidos también juegan un papel beneficioso en la salud ocular del salmón. La aparición de cataratas, por ejemplo, disminuye el bienestar de los animales y la capacidad de alimentarse adecuadamente, lo que afecta su crecimiento. La suplementación correcta de aminoácidos, según el requerimiento de los animales, puede prevenir su aparición.